Historia Młodzieżowego Ośrodka Wychowawczego nr 3 sięga czasów międzywojennych, gdy przy ulicy Krypskiej 39 w Warszawie założono sierociniec dla dzieci żołnierzy poległych na froncie I wojny światowej. Sierociniec otrzymał imię Marszałka Józefa Piłsudskiego. W czasie II wojny światowej budynek przeznaczono na „Bursę miejską dla biednych dzieci”.

Po ustaniu działań wojennych, na piętrze pierwszym i drugim budynku mieściła się Szkoła Podstawowa nr 149. Parter budynku zajmowały dziewczęta ze zniszczonego w pożarze Zakładu przy ulicy Parkowej. 

W 1948 roku placówka przeszła pod nadzór Kuratorium Oświaty, a później pod opiekę Wydziału Oświaty miasta Warszawy. W roku szkolnym 1948/49 dzięki poparciu władz oświatowych powołano Państwowy Zakład Wychowawczo - Zapobiegawczy i Szkołę Podstawową nr 137 dla Chłopców Moralnie Zaniedbanych. 

Od dnia 1 maja 1952 roku funkcję dyrektora Zakładu Wychowawczo - Zapobiegawczego i Szkoły Podstawowej powierzono Stanisławowi Danielczykowi. Uporządkował on organizację pracy zakładu i szkoły, założył ogród wokół placówki. Wiele lat trwało doskonalenie metod i technik pracy resocjalizacyjnej. Chłopcy realizowali obowiązek szkolny, uczyli się wykorzystywać czas wolny w akceptowany społecznie sposób, kadra pedagogiczna kształtowała ich postawy życiowe. Podczas sprawowania urzędu przez dyrektora Danielczyka nazwa zakładu została zmieniona na Państwowy Zakład Wychowawczy. 

W 1974 roku władze oświatowe przeniosły siedzibę placówki do Miedzeszyna, łącząc ją z bliźniaczą placówką z ulicy Azaliowej i lokalizując je w budynkach zlikwidowanego Domu Dziecka nr 8. Od tego momentu adresem placówki jest ulica Patriotów 90 – malowniczy, zalesiony teren, na którym z czasem, w miarę skromnych możliwości finansowych powstawały boiska sportowe. 

W 1982 roku placówka zmieniła oficjalną nazwę z Państwowego Zakładu Wychowawczego na Państwowy Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy nr 3, a nadzór nad jej funkcjonowaniem sprawowało Kuratorium Warszawskie.

W 1994 roku ponownie została zmieniona nazwa placówki na Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy nr 3, przy którym funkcjonowała Szkoła Podstawowa nr 137.

W 2000 roku młodzieżowe ośrodki wychowawcze przekazane zostały pod nadzór resortu polityki społecznej. Zostało powołane Powiatowe Gimnazjum nr 140, a w wyniku reformy systemu szkolnictwa w 2004 roku przekształcono je w Gimnazjum Specjalne nr 140. Ośrodek powrócił do resortu oświaty. W placówce zaczął funkcjonować System Motywacyjny Placówki, utworzono Młodzieżową Radę Ośrodka. 

W 2002 roku z inicjatywy ówczesnego dyrektora i pracowników, placówce zostało nadane imię dr Grzegorza Maja - wybitnego wychowawcy, dyrektora i działacza demokratycznej opozycji. O tego czasu tradycją placówki stało się coroczne organizowanie Memoriału im. dr Grzegorza Maja, w którym w sportowych zmaganiach rywalizują wychowankowie zaprzyjaźnionych placówek opiekuńczo - wychowawczych.

W 2004 roku odbyła się uroczystość nadania placówce sztandaru. Powstała w ramach placówki 244 Drużyna Harcerska „Patrioci” Namiestnictwa Drużyn „Nieprzetartego Szlaku” Komendy Hufca ZHP Warszawa Praga - Południe. Z powołaniem drużyny harcerskiej związana została tradycja organizowania każdego roku na wiosnę imprezy integracyjnej dla drużyn Namiestnictwa pod hasłem „Sport i Zabawa”. 

W latach 2006 – 2011 budynki internatu i szkoły przeszły szereg remontów, dzięki czemu podniesiona została ich estetyka i funkcjonalność oraz wzrósł komfort życia i nauki wychowanków.